El fageoma: un reino oculto en su intestino

Probablemente haya oído hablar del microbioma —las hordas de bacterias y otras diminutas formas de vida que viven en nuestros intestinos—. Pues bien, resulta que esas bacterias tienen virus que existen dentro y alrededor de ellas —con importantes consecuencias tanto para ellas como para nosotros—.

Les presento al fageoma.

En el interior del aparato digestivo humano hay miles de millones, quizá incluso billones, de estos virus, conocidos como bacteriófagos (“comedores de bacterias” en griego) o solo “fagos” para sus amigos. La ciencia del fageoma (también conocido como fagoma) se ha disparado recientemente, afirma Breck Duerkop, bacteriólogo de la Facultad de Medicina Anschutz de la Universidad de Colorado, y los investigadores se esfuerzan por comprender su enorme diversidad. Los investigadores sospechan que, si los médicos pudieran aprovechar o dirigir los fagos adecuados, podrían mejorar la salud humana.

“Habrá fagos buenos y fagos malos”, afirma Paul Bollyky, médico especialista en enfermedades infecciosas e investigador en la Escuela de Medicina de Stanford. Pero por ahora, aún no está claro cuántos fagos ocupan el intestino —quizás uno por cada célula bacteriana, o incluso menos—. También hay bacterias que contienen genes de fago, pero no producen virus de forma activa; las bacterias solo viven sus vidas con ADN de fago en sus genomas.

Y hay muchos fagos que aún no han sido identificados; los científicos los llaman la “materia oscura” del fageoma. Una parte importante de la investigación actual sobre fagos consiste en identificar estos virus y sus bacterias hospedadoras. La base de datos de fagos intestinales contiene más de 140.000 fagos, pero seguramente se trata de una subestimación. “Su variedad es simplemente extraordinaria”, afirma Colin Hill, microbiólogo de la Universidad de Cork en Irlanda.

Los científicos encuentran los fagos examinando secuencias genéticas extraídas de muestras fecales humanas. Ahí es donde los investigadores encontraron el grupo de fagos intestinales más común, llamado CrAss-fago. (Salga de dudas: su nombre viene del inglés, CrAssphage, Cross-Assembly phage, nombre que se debe a la técnica de “ensamblaje cruzado” que extrajo sus genes de la mezcolanza genética). En un estudio reciente, Hill y sus colegas detallaron la forma de bombilla de los CrAss-fago, con un cuerpo de 20 lados y un tallo para inyectar ADN en las bacterias huésped.

No está claro si los CrAss-fago influyen en la salud humana, pero dado que infectan a uno de los grupos más comunes de bacterias intestinales, Bacteroides, a Hill no le sorprendería que lo hicieran. Otros grupos comunes, que también infectan a Bacteroides, son el Gubaphage (fago de bacteroidales intestinales) y el LoVEphage (muchos elementos genéticos virales).

Los fageoma varían mucho de una persona a otra. También cambian en función de la edad, el sexo, la dieta y el estilo de vida, como describen Hill y sus colegas en el Annual Review of Microbiology 2023.

Aunque los fagos infectan a las bacterias y a veces las matan, la relación es más complicada que eso. “Solíamos pensar que los fagos y las bacterias se pelean”, dice Hill, “pero ahora sabemos que en realidad están bailando; son socios”.

Los fagos pueden beneficiar a las bacterias aportándoles nuevos genes. Cuando una partícula de fago se está ensamblando dentro de una bacteria infectada, a veces puede introducir genes bacterianos en su cubierta proteínica junto con su propio material genético. Más tarde, inyecta esos genes en un nuevo huésped, y esos genes transferidos accidentalmente podrían ser útiles, dice Duerkop. Podrían proporcionar resistencia a los antibióticos o la capacidad de digerir una nueva sustancia.

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Los fagos mantienen en forma a las poblaciones bacterianas al picarles constantemente los talones, afirma Hill. Las bacterias Bacteroides pueden presentar hasta una docena de tipos de cubiertas azucaradas en su superficie exterior. Los distintos recubrimientos tienen diferentes ventajas: evadir el sistema inmunitario, por ejemplo, u ocupar un rincón diferente del aparato digestivo. Pero cuando hay CrAss-fagos alrededor, dice Hill, los Bacteroides deben cambiar constantemente de cubierta para eludir a los fagos que reconocen una cubierta u otra. El resultado: en un momento dado, hay Bacteroides con diferentes tipos de cubierta, lo que permite a la población en su conjunto ocupar una variedad de nichos o hacer frente a nuevos retos.

Los fagos también evitan que las poblaciones bacterianas se descontrolen. El intestino es un ecosistema, como el bosque, y los fagos son depredadores de bacterias, como los lobos son depredadores de ciervos. El intestino necesita a los fagos como el bosque a los lobos. Cuando esas relaciones depredador-presa se alteran, pueden producirse enfermedades. Los investigadores han observado cambios en el fageoma del síndrome inflamatorio intestinal (SII), la enfermedad del intestino irritable y el cáncer colorrectal; por ejemplo, el ecosistema vírico de una persona con SII suele ser poco diverso.

Las personas intentan reequilibrar el microbioma intestinal con dietas o, en casos médicos extremos, trasplantes fecales. El estudio de los fagos podría proporcionar un enfoque más afinado, afirma Hill. Por ejemplo, los científicos buscan fagos que puedan utilizarse terapéuticamente para infectar las bacterias que causan las úlceras.

Dé gracias a los billones de fagos que gestionan su ecosistema intestinal. Sin ellos, sugiere Hill, unos pocos tipos de bacterias podrían dominar rápidamente, lo que podría impedirle digerir algunos alimentos y provocarle gases e hinchazón.

El salvaje y maravilloso fageoma es una pareja de baile tanto para las bacterias, como para los humanos.

Artículo traducido por Debbie Ponchner